В фильме три параллельных и связанных сюжетных линии, разделенные во времени. В первой, происходящей 45 тысяч лет назад, рассказана история пещерного человека Торна и его семьи. Во второй - история антрополога Клэр, которая ищет недостающее звено в происхождении человека. Третья происходит в будущем в 2417 году. Она рассказывает об экспедиции к планете у звезды Kepler-B и единственном члене экипажа корабля Кокли.
